Governo Lula traz mudanças ao GSI! 121 militares são nomeados para o Gabinete de Segurança Institucional e há uma forte indicação de que a gestão vai fazer uma substituição dos militares que atuavam no órgão durante a gestão do ex-presidente Jair Bolsonaro (PL). Além disso, um tenente da Aeronáutica foi nomeado para a Secretaria Extraordinária de Segurança Imediata do presidente da República, em seu gabinete pessoal, enquanto dois outros militares foram dispensados.
A gestão de Lula havia começado a dispensar militares que atuavam dentro do Palácio do Planalto, incluindo a presidência, a vice-presidência e o próprio GSI. Essas ações foram intensificadas após a manifestação golpista que aconteceu em 8 de janeiro e que viu os apoiadores de Bolsonaro avançarem contra as forças de segurança e invadirem e vandalizarem o Planalto, o Congresso Nacional e o Supremo Tribunal Federal. Em uma semana, foram 84 militares dispensados de seus cargos no Planalto, sendo a maioria no GSI. O general bolsonarista Carlos José Russo Assumpção Penteado, considerado homem de confiança do ex-chefe do GSI durante a gestão de Bolsonaro, foi exonerado do cargo. Em seu lugar, assumiu o general Ricardo José Nigri.
Os novos nomeados para o GSI vão atuar na segurança de Lula, especificamente na Secretaria de Segurança e Coordenação Presidencial do órgão. Serão nove militares que atuarão como supervisores, 28 como assistentes, 23 como secretários e 57 como especialistas.
O GSI e o seu chefe, o general Gonçalves Dias, tornaram-se alvos de crítica por aliados devido à facilidade com que os militares golpistas entraram e vandalizaram o Palácio do Planalto. O ministro da Defesa, José Múcio, também foi criticado por petistas. A sequência de desconfianças envolvendo os militares levou à queda do comandante do Exército, general Júlio César Arruda. As desconfianças com o GSI, que ficou muito atrelado ao presidente na gestão Bolsonaro, vinham desde a época da atuação do gabinete de transição. Na época, foi decidido que a segurança pessoal de Lula passaria do órgão para a Polícia Federal.